Veruje se da je manastir podignut za slepog Grgura Brankovića - kao monah zvao se German, a na inicijativu njegovog sina Vuka Grgurevića. Istoričari se ne slažu i smatraju da je to više legenda nego činjenica, te da nema nikakvih dokaza u prilog ovim tvrdnjama.
Nezna se dakle pouzdano, ko je bio graditelj manastira kao ni vreme njegove izgradnje. Navodi se čak i 1471. kao godina njegovog podizanja. Pošto je Grgur Branković umro 1459. godine ova priča ipak ostaje samo legenda. Neki izvori nas navode na zaključak da je manastir sagrađen pre pada Srema 1521. Takođe se pretpostavlja da je manastir bio dobrostojeći, jer je u vreme otkupa od Turaka, svoje livade, bašte i njive otkupio za iznos od 6000 akči. Prema navodima iz 1702. opata Boninija vidimo da je manastir posedovao 4 mlina, 200 jutara oranica i livada i da je u tom periodu u manastiru boravilo 25 monaha. Iz jedne austrijske povelje iz 1706. se vidi da je manastir imao ukupno  deset vodenica.
U 18. veku Grgeteg je bio pribežište za kaluđere iz manastira Slanci koji su se tu sklonili bežeći od Turaka donoseći sa sobom stvari, odežde i knjige, mada su se kada je opasnost prošla vratili nazad. U vreme tursko-austrijskog rata 1683-99. manastir je spaljen 1688, a onda  i napušten. Austrijski cara Leopold ga poklonja Isaiji Đakoviću, tako je počela  i njegova obnova.
Današnji oblik manastir Grgeteg duguje arhimandritu Ilarionu Ruvarcu, poznatom istoričaru koji je dao da se 1899. godine u potpunosti izvrši restauracija crkve i konaka.
Svečano osvećenje manastira je obavljeno 10. juna 1901. godine. Prisustvovali su mitropolit Georgije Branković , Antonije Hadžić, pesnik Laza Kostić, bački episkop Mitrofan (Šević, 1900-18), nastojatelji svih fruškogorskih manastira i mnogi drugi.
U II svetskom ratu manastir je teško stradao, a od 1953. godine se postepeno obnavlja. 1988. godine vršeni su konzervatorsko-restauratorski radovi. Slava manastira Grgeteg je Prenos moštiju Svetog oca Nikolaja - 22. (9.) maj.