Posle završene gimnazije u Sremskim Karlovcima i Segedinu, studije je nastavio u Pešti, gde je doktorirao na filozofiji 1836. godine, a 1840. godine na pravu. Baveći se advokaturom, od 1842. godine do 1847. godine je uređivao "Letopis Matice srpske", koji je tada još izlazio u Pešti. Revolucionarne 1848. godine bio je inicijator i sazivač skupštine Srba u Pešti koja je imala zadatak da s obzirom na opšte političke prilike u Austriji, formuliše srpske zahteve. Iste godine, učestvovao je i na majskoj skupštini u Sremskim Karlovcima, na kojoj je ustanovljena Karlovačka patrijaršija i mitropolit Josif Rajačić. Kao političar umereno liberalnih shvatanja, istakao se istupanjima u zajedničkom Ugarskom saboru, gde je bio blizak idejama Svetozara Miletića. Za vreme boravka u Zagrebu, kao dramski pisac bio je postavljen za upravitelja Zemaljskog kazališta, gde je uspešno sarađivao sa pozorišnim reformatorom, piscem i glumcem Josipom Frojdenrajhom. O toj saradnji ostavio je dragocena svedočanstva u svojoj "Autobiografija", koju je izdala Matica srpska u Novom Sadu. Književno stvaralaštvo započeo je lirskim pesništvo romantične inspiracije, a više uspeha je pokazao u dramama sa nacionalno-istorijskom tematikom kakve su „Herceg-Vladislav“, „Nemanja“, „Miloš Obilić“ i „Zvonimir“. One su mu donele popularnost kakvu je kod Srba imao još jedino Sterija Popović. Subotić je posebnu pažnju obraćao na čistotu scenskog govora. Govoreći o jeziku kojim se govorilo na bini u Zagrebu i Novom Sadu, on u "Autobiografiji" kaže: „Ne može se potpuno uživati ni tamo ni ovde, ali se daje gledati i ono što daju na zagrebačkoj pozornici i ono što se predstavlja od Novosadskog narodnog društva ".U Novi Sad je prešao 1868. godine, gde se bavio advokaturom. Tu je bio biran za predsednika Matice srpske i pročelnika „Društva za Srpsko narodno pozorište“. Svojim delovanjem je uspešno povezivao srpske i hrvatske kulturne i političke centre kao što su Novi Sad, Zagreb, Osijek i Beograd, gde je, takođe, boravio neko vreme. Sin Jovana Subotića je dr Vojislav Subotić, vodeći srpski hirurg s kraja 19. - početka 20. veka i jedan od osnivača Medicinskog fakulteta u Beogradu. U Muzeju grada Beograda nalazi se legat Jovana Subotića, koji je muzeju darovao njegov unuk, Ivan V. Subotić. Smatra se najvećim poligrafom među piscima svog doba. Pisao je lirske pesme, klasicističke ode i elegije, herojske pesme, romantične epove, sentimentalne pripovetke, kritike, radove iz teorije i istorije književnosti, članke razne sadržine, ogledao se u romanu, napisao opsežnu autobiografiju, sastavljao, uz to, članke antologije, školske udžbenike, dva puta bio urednik Srpskog letopisa. Od 1861. godine do kraja života učestvuje u političkom životu Ugarske, naročito Hrvatske i Vojvodine. Šezdesetih godina, u doba cvetanja romantične drame, on je jedan od njenih najplodnijih predstavnika. Pesme su mu pod jakim uticajem narodne poezije. Godine 1838. štampao je spev „Potopljena Pešta“. Pesnička slava mu je opala odmah posle pojave Branka Radičevića. Kao dramski pisac uzimao je predmete iz novije srpske i hrvatske istorije, ali ni drame mu se nisu mogle održati pored dela Jovana Sterije Popovića i Laze Kostića. U svoje vreme slavljen je njegov romantični ep „Kralj Dečanski“ (1846). Pred kraj života, u doba dominacije proze, napisao je roman „Kaluđer“ (1881).