Rodio se u Podgorici 1930. Njegov otac Vojislav D. Pekić je u Kraljevini Jugoslaviji bio visoki državni činovnik, tako da su od Borislavovog rođenja do 1941. živeli u Starom i Novom Bečeju, Mrkonjić Gradu, Kninu i Cetinju. Početkom Drugog svetskog rata, italijanske okupacione vlasti ih proteruju iz Cetinja za Srbiju. Njegova porodica se nastanila u Bavaništu (južni Banat), a 1945. se sele u Beograd.Po preseljenju u Beograd 1945, obrazovanje nastavlja u Trećoj muškoj gimnaziji, gde je maturirao 1948. Ubrzo posle toga je bio uhapšen. Kao pripadnik SDOJ-a je osuđen na petnaest godina robije sa prinudnim radom. Izdržavao je kaznu u KPD Sremska Mitrovica i KPD Niš. Pomilovan je posle pet godina 1953. godine. Za vreme tamnovanja začete su mnoge ideje koje je posle razvio u svojim glavnim romanima. Studirao je eksperimentalnu psihologiju na Filozofskom fakultetu u Beogradu (1954—1958). Godine 1958. oženio se inženjerkom arhitekture Ljiljanom Glišić, sestričinom dr Milana Stojadinovića, koji je bio predsednik vlade Jugoslavije (1935—1939) i ministar finansija. Godinu dana kasnije rodila im se ćerka Aleksandra. Godina 1959. je takođe godina kada je Pekić napisao svoj prvi od preko dvadeset originalnih filmskih scenarija za glavne filmske kuće u Jugoslaviji, među kojima i Dan četrnaesti koji je predstavljao Jugoslaviju na Kanskom filmskom festivalu 1961. godine. Godinama je Pekić radio na nekolicini romana a kada je prvi od njih Vreme čuda (1965), štampan privukao je pažnju velikog broja čitalaca kao i književnih kritičara. Ovaj roman je 1976. izdat na engleskom od strane Harcourt Brace Jovanovic u Njujorku kao Time of Miracles (Vreme čuda). Preveden je na francuski 1986, na poljski 1986, rumunski 1987, italijanski 2004. i grčki 2007. Pekićev prvi roman jasno je ukazao na dve važne karakteristike njegovog rada, oštar antidogmatizam i konstantni skepticizam u pogledu mogućeg „progresa“ čovečanstva koji je dostignut u toku svoje istorije.

U periodu između 1968. i 1969, Pekić je bio jedan od urednika „Književnih novina“. Njegov drugi roman Hodočašće Arsenija Njegovana (1970) u kome je pored ostalog dao sliku studentskog protesta 1968. u Jugoslaviji. Iako se ideološki distancirao od ovog opozicionog pokreta, nova politička klima je dalje komplikovala njegov odnos sa vlašću tako da je godinu dana bio bez pasoša. Roman je ipak dobio Ninovu nagradu kao najbolji jugoslovenski roman te godine. Engleski prevod pod naslovom Houses of Belgrade (Beogradske kuće) se objavio 1978. u izdavačkoj kući Harcourt Brace Jovanovic u Njujorku, a kasnije je bio preveden na poljski, češki i rumunski.

Dela su mu prevedena na engleski, nemački, francuski, italijanski, španski, holandski, poljski, češki, slovački, mađarski, rumunski, retoromanski, makedonski, slovenački, albanski, grčki, švedski i ukrajinski.

Godine 1989. zajedno sa još dvanaest intelektualaca obnovio je rad Demokratske stranke, da bi sledeće, 1990. godine, postao član Glavnog odbora, kao i jedan od urednika obnovljenog opozicionog lista „Demokratija“. Godine 1991. bio je kandidat Demokratske stranke za narodnog poslanika u Skupštini Republike Srbije u beogradskoj opštini Rakovica kada je pobedio njegov protivkandidat Vojislav Šešelj. Pekić je bio potpredsednik Srpskog PEN centra od 1990. do 1992. godine i član engleskog PEN centra. Bio  je dopisni član Srpske akademije nauka i umetnosti od 1985. godine, kao i član Krunskog saveta princa Aleksandra Karađorđevića 1992. godine. Aktivan kako kao autor tako i kao javna ličnost do poslednjeg dana, Pekić je umro od raka pluća u svom domu u Londonu, 2. jula 1992. Kremiran je u Londonu, a njegova urna se nalazi u Aleji zaslužnih građana na Novom groblju u Beogradu, zajedno sa drugim uvaženim ličnostima iz socijalnog, političkog i kulturnog reda građana. Posthumno, 1992, ga je Nj. K. V. prestolonaslednik Aleksandar odlikovao Kraljevskim ordenom dvoglavog belog orla prvog stepena, kao najvišeg odlikovanja dodeljenog od srpskog pretendenta na poziciju monarha.