Родио се у Подгорици 1930. Његов отац Војислав Д. Пекић је у Краљевини Југославији био високи државни чиновник, тако да су од Бориславовог рођења до 1941. живели у Старом и Новом Бечеју, Мркоњић Граду, Книну и Цетињу. Почетком Другог светског рата, италијанске окупационе власти их протерују из Цетиња за Србију. Његова породица се настанила у Баваништу (јужни Банат), а 1945. се селе у Београд.По пресељењу у Београд 1945, образовање наставља у Трећој мушкој гимназији, где је матурирао 1948. Убрзо после тога је био ухапшен. Као припадник СДОЈ-a је осуђен на петнаест година робије са принудним радом. Издржавао је казну у КПД Сремска Митровица и КПД Ниш. Помилован је после пет година 1953. године. За време тамновања зачете су многе идеје које је после развио у својим главним романима. Студирао је експерименталну психологију на Филозофском факултету у Београду (1954—1958). Године 1958. оженио се инжењерком архитектуре Љиљаном Глишић, сестричином др Милана Стојадиновића, који је био председник владе Југославије (1935—1939) и министар финансија. Годину дана касније родила им се ћерка Александра. Година 1959. је такође година када је Пекић написао свој први од преко двадесет оригиналних филмских сценарија за главне филмске куће у Југославији, међу којима и Дан четрнаести који је представљао Југославију на Канском филмском фестивалу 1961. године. Годинама је Пекић радио на неколицини романа а када је први од њих Време чуда (1965), штампан привукао је пажњу великог броја читалаца као и књижевних критичара. Овај роман је 1976. издат на енглеском од стране Harcourt Brace Jovanovic у Њујорку као Time of Miracles (Време чуда). Преведен је на француски 1986, на пољски 1986, румунски 1987, италијански 2004. и грчки 2007. Пекићев први роман јасно је указао на две важне карактеристике његовог рада, оштар антидогматизам и константни скептицизам у погледу могућег „прогреса“ човечанства који је достигнут у току своје историје.

У периоду између 1968. и 1969, Пекић је био један од уредника „Књижевних новина“. Његов други роман Ходочашће Арсенија Његована (1970) у коме је поред осталог дао слику студентског протеста 1968. у Југославији. Иако се идеолошки дистанцирао од овог опозиционог покрета, нова политичка клима је даље компликовала његов однос са влашћу тако да је годину дана био без пасоша. Роман је ипак добио Нинову награду као најбољи југословенски роман те године. Енглески превод под насловом Houses of Belgrade (Београдске куће) се објавио 1978. у издавачкој кући Harcourt Brace Jovanovic у Њујорку, а касније је био преведен на пољски, чешки и румунски.

Дела су му преведена на енглески, немачки, француски, италијански, шпански, холандски, пољски, чешки, словачки, мађарски, румунски, реторомански, македонски, словеначки, албански, грчки, шведски и украјински.

Године 1989. заједно са још дванаест интелектуалаца обновио је рад Демократске странке, да би следеће, 1990. године, постао члан Главног одбора, као и један од уредника обновљеног опозиционог листа „Демократија“. Године 1991. био је кандидат Демократске странке за народног посланика у Скупштини Републике Србије у београдској општини Раковица када је победио његов противкандидат Војислав Шешељ. Пекић је био потпредседник Српског ПЕН центра од 1990. до 1992. године и члан енглеског ПЕН центра. Био  је дописни члан Српске академије наука и уметности од 1985. године, као и члан Крунског савета принца Александра Карађорђевића 1992. године. Активан како као аутор тако и као јавна личност до последњег дана, Пекић је умро од рака плућа у свом дому у Лондону, 2. јула 1992. Кремиран је у Лондону, а његова урна се налази у Алеји заслужних грађана на Новом гробљу у Београду, заједно са другим уваженим личностима из социјалног, политичког и културног реда грађана. Постхумно, 1992, га је Њ. К. В. престолонаследник Александар одликовао Краљевским орденом двоглавог белог орла првог степена, као највишег одликовања додељеног од српског претендента на позицију монарха.