Постао папом 5 јула 649 год. баш у време јаросне распре православних с јеретицима монотелитима (јединовољницима). Цароваше тада Констанс II, унук Ираклијев, а патријарх цариградски беше Павле. Да би успоставио мир у цркви сам цар написа књижицу Типос, која би веома по вољи јеретика. Папа Мартин сазва сабор од 105 епископа, на коме се осуди ова књижица царева. У исто време написа папа писмо патријарху Павлу молећи га да се држи чисте вере православне и да цара саветује, да се окане јеретичких мудровања. То писмо ражљути и патријарха и цара. И цар посла некога војводу Олимпија у Рим, да доведе папу везана у Цариград. Војвода се не дрзну везати папу, али наговори једног војника, да га мачем убије у цркви. Но када војник уђе у цркву с мачем скривеним, на једанпут ослепи. Тако Промислом Божјим Мартин избеже смрт. У то време нападаху Сарацени на Сицилију, и војвода Олимпије оде у Сицилију, где и умре. Тада сплетком патријархајеретика Павла цар посла другог војводу, Теодора, да веже и доведе папу под оптужбом, да он, папа, стоји у дослуху са Сараценима, и да не штује Пречисту Богоматер. Када војвода стиже у Рим и прочита оптужбу против папе, овај одговори, да је то клевета, да он нема никакве заједнице са Сараценима, противницима Хришћанства, „а пречисту Богоматер ако ко не штује и не исповеда и њој се не клања, да буде проклет и овога и онога века". Но то не измени одлуку војводину. Папа би везан и доведен у Цариград, где болан преболан лежаше дуго у тамници, мучен тескобом и глађу, док најзад не би осуђен на прогонство у Херсон, где поживе 2 године и сконча предав душу своју Господу, ради кога је много пострадао, 655 год. На две године пре њега умре окајани Павле. И кад га цар посети пред смрт, он окрете главу дувару и плакаше исповедајући да је много грешио против папе Мартина, и молећи цара да Мартина ослободи.

Извор: Црквени Календар