Iz njegovog života imamo malo sigurnih podataka. Verovatno je 1450. godine ili nekoliko godina pre rođen u Kolmaru u Alzasu u Franncuskoj. Njegov otac se doselio iz Augsburga 1440. godine kao zlatar i gde je Šongauer proveo svoje prve godine u radnji svoga oca ili možda kod Kaspara Isenmana i zaključno je radio određeno vreme u Nirnbergu u radionici Hanca Plajdenvurfa gde se upoznao sa novim načinom slikanja Holanđana Jan van Ajka i Rohir van der Vejdena.

Od 1465. bio je upisan na nekoliko semestara na Univerzitetu u Lajpcigu. Najkasnije u 1469/70 godinama je preduzeo put u Burgundiju i Holandiju. Njegova dela pokazuju uticaje Rohir van der Vejdena, kao i Dirik Botusa i Jan van Ajka.

Zbog svog delikatnog slikarstva bio je prozvan od svojih savremenika Martin Lepi ili Divan Martin. Od svog slikarstva imao je sasvim malu zaradu. Iz godine 1473. potiče njegovo delo Madona u Rosenhagu koje predstavlja kasnogotsku sliku Bogorodice koja je slikana sa velikom jasnoćom u kompoziciji i njenom izvođenju.

Ne samo zbog tehničkih detalja i umetnočkih kvaliteta u bakrorezu gde je mogućnosti ove tehnike dokraja poznavao važio je kao jedan od najznačajnijih grafičara pre Albrehta Direra. Kao grafičar je svoje radove potpisivao i datirao i ona imaju reprezentativne forme.