За своје кратке филмове награђиван је још у средњој школи. Филмску режију завршио је на Филмској академији у Прагу (ФАМУ). Двоструки је добитник Златне палме филмског фестивала у Кану, за филмове Отац на службеном путу и Подземље. Носилац је „ордена Витеза реда уметности и књижевности“. Национални амбасадор УНИЦЕФ-а у Србији постао је 8. септембра 2007, заједно са Аном Ивановић, Александром Ђорђевићем и Јеленом Јанковић.

У групи „Забрањено пушење“ једно време је свирао бас-гитару, а сада као гитариста заједно наступа као члан групе „Emir Kusturica & the No Smoking Orchestra“. Бави се и писањем. 2010. године издата је његова аутобиографија под називом „Смрт је непровјерена гласина“, а 2013. изашла је његова друга књига „Сто јада“. Рођен је у породици Мурата Кустурице (новинара запосленог у секретаријату информисања СР БиХ и Сенке Нуманкадић (секретар суда) одрастао је као једино дете у породици секуларних Муслимана у близини Сарајева, у насељу Горица. Његов студентски филм, „Герника“ снимљен према новели Антонија Исаковића, победио је на Фестивалу студентског филма у Карловим Варима. Током студија режирао је и два кратка филма: „Један део истине“ и „Јесен“. По завршетку студија 1978. године Кустурица се враћа у Југославију где започиње професионалну каријеру на Телевизији Сарајево. Његов први филм „Невјесте долазе“, изазвао је доста контроверзи, а потом био и забрањен због „експлицитног бављења сексуалним табуима“. Са наредним телевизијским филмом Бифе Титаник заснованом на причи нобеловца Иве Андрића, је освојио награду за режију на националном Телевизијском фестивалу у Порторожу. У дугометражној играној продукцији дебитовао је филмом „Сјећаш ли се Доли Бел“, насталом по сценарију Абдулаха Сидрана, 1981. године. За овај филм награђен је Сребрним лавом на Филмском фестивалу у Венецији за најбољи дебитантски филм и наградама ФИПРЕСЦИ, АГИС и ЦИДЛАЦ на Фестивалу југословенског играног филма у Пули 1981. године. Следећи филм „Отац на службеном путу“ (1985.), са истим сценаристом, доноси му Златну палму на Филмском фестивалу у Кану и номинацију за награду Америчке филмске академије „Оскар“ за најбољи филм са неенглеског говорног подручја. Награђиван је и на југословенским фестивалима: на Фестивалу југословенског играног филма у Пули, награђен је Златном ареном за режију и наградом Јелен (1985) а међународна критика доделила му је Гран при за најбољи филм 1985. Филм „Дом за вешање“ је сниман у Македонији, а пред крај снимања чешки редитељ Милош Форман га је позвао да га замени на Универзитету „Колумбија“ у САД, где је филм завршен. Године 1989. поново је на Филмском фестивалу у Кану, награђен за режију и специјалном наградом Роберто Роселини. Поводом доделе Златне палме за тај филм је изјавио:
“Напио сам се, било је тешко погодити хотел, собу поготово. Предосећам да је „Дом“ врло близу Оскара ”. Био је косценариста филма „Стратегија свраке“ (1987), који је режирао Златко Лаванић. Кустурица је предавао режију на Академији сценских умјетности у Сарајеву од 1981. до 1988.
По одласку из БиХ предаје на Универзитету „Колумбија“ у Њујорку. Један од његових америчких студената, Дејвид Еткинс, показао му је сценарио из којег је настао Кустуричин први филм на енглеском језику, Arizona Dream (срп. Сан о Аризони) (1993), са Феј Данавеј, Џонијем Депом и Џеријем Луисом у главним улогама. Филм је награђен Сребрним медведом и Посебном наградом жирија на Филмском фестивалу у Берлину 1993. године. Године 1993. је први пут био члан жирија на Канском фестивалу, а 1999. је био председник жирија на Венецијанском филмском фестивалу.

Наредни филм „Подземље“ (енгл. Underground) из 1995. донео му је другу Златну палму на Филмском фестивалу у Кану. Године 1998. на Венецијанском филмском фестивалу добио је Сребрног лава за најбољу режију филмом Црна мачка, бели мачор. Музику за филм су радили Ненад Јанковић и Дејан Спаравало.
Први његов филм објављен у 21. веку је био Super 8 Stories, документарни филм који говори о бенду Emir Kusturica & The No Smoking Orcherstra. Након тог остварења, 2004. године, у биоскопима се појавио филм Живот је чудо, најскупљи филм српске продукције. За потребе снимања овог филма, чији је радни назив био Гладно срце, изграђен је Дрвенград. Године 2005. био је председник жирија Канског филмског фестивала. У париској опери Бастиља 26. јуна 2007. први пут је изведена његова панк-опера Време Цигана, по мотивима филма Дом за вешање. Исте те године му је додељен Орден витеза реда уметности и књижевности, највише француско признање у области културе, режирао је и спот за насловну песму албума француског музичара Мануа Чаоа — Rainin' In Paradize, а и филм Завет који је режирао, премијерно је приказан на Канском филмском фестивалу. Након Завета 2008. године појавио се филм Марадона, — документарац о Дијегу Арманду Марадони. Месеца септембра 2009. у француским биоскопима почело је приказивање филма „Афера Фервел” у којем Кустурица глуми поручника КГБ-а. 24. децембра 2011. Кустурица је изабран за новог председника Скијашког савеза Србије.
Средином фебруара 2009. године Кустурица је најавио да ће снимити филмску оперу по роману На Дрини ћуприја, и да планира да посао буде завршен 2011. године. Министар културе Србије Небојша Брадић рекао је да ће тај пројекат подржати држава Србија. Премијер Републике Српске Милорад Додик је изјавио да ће Влада Републике Српске обезбедити средства за снимање.  У интевјуу за Press редитељ каже да ће у Израелу снимати филм Хладна вода, који говори о Палестинцу који живи у Хамбургу и ради као трбушни плесач. Такође припрема и филм о мексичком револуционару Панчу Виљи, у којем ће главне улоге тумачити Џони Деп и Салма Хајек. Одлучено је и то да коначни назив филма буде Дивље руже, нежне руже, по последњој сцени из филма која се одвија на плантажи ружа у Мексику, иако је првобитни назив требало да буде Седам пријатеља Панча Виље и жена са шест прстију. Тај филм ће бити сниман у Шпанији, а затворене сцене у Дрвенграду. Редитељ је изјавио да ће пре филма о Панчу Виљи снимити онај о Палестинцу у Хамбургу, чији је почетак снимања заказан за април 2010. Филм Подземље приказује историју СФРЈ од Другог светског рата до сукоба почетком 90-их година XX века. Неки критичари су тврдили да Кустурица пропагира просрпски поглед на југословенске ратове укључујући и непријатељства током Другог светског рата. Критикован је и од стране многих интелектуалаца како тај филм садржи просрпску пропаганду.

Музика

У Хрватској штампи је често био вербално нападан, нарочито због стиха групе Но смокинг оркестра „Ко не воли Дабић Рашу попушио кару нашу.“

У интервјуу за Политику Кустурица о томе каже:
“ Не мислим зло, али такође не мислим ни да јавност земље која је протерала 300.000 Срба са своје територије, нити је раскрстила са НДХ, може да прича о фашизму. Шта год да урадим, „Јутарњи лист” и „Индекс хр” то преводе на језик национализма. Тајна је у томе што ја нисам националиста. Као што ни Харолд Пинтер није био националиста. Они подстичу обрнуту причу од њихове „Тко пјева зло не мисли”, а то је у овом случају депласирано. Сетили су се стиха који је отпеван пре три године у Буенос Ајресу и постављен на Јутјуб. Група „Но смоукинг оркестра” не гаји никакав однос према наводним ратним злочинцима. Радован Караџић је ухапшен и требало би да се изнесе доказ о његовој кривици у Хагу. Сребреница неспорно јесте злочин, али шта је Олуја? Прича о Радовану Караџићу је зато депласирана, али и зато што ми не припадамо нити опцији оптужбе, нити одбране тог човека”. Сајт javno.com је објавио интервју са њим у којем Кустурица говори:
“Стих „Ко не воли Дабић Рашу, попушио кару нашу“ заиста је отпеван. Али, ми на сваком концерту отпевамо понеки простачки стих као што је „Ко не воли Абдић Фићу, осуо се по главићу“ или „Ко не воли Бахтић Фићу шетао ми по главићу“. Ови из јутарњег листа одлучили су да примете само тај један стих”. Кустурица је за Јутарњи лист изјавио да ће певати о хрватском генералу Анти Готовини:
“ Верујем да је Готовина нека момчина са којим бих лакше могао водити разговор него са 60 % Хрвата, и зато ћу певати „Ко не воли Готовину, увалим му осовину ”.

Карактеристике

Као редитељ Кустурица је успео да изгради веома личан редитељски и филмски рукопис. Његови филмови се по правилу одликују уметањем надреалистичких момената којима се прекида наративни ток или се означава нарочит тренутак радње. У познијој филмографији, Кустурица је променио до тада врло препознатљиву сиву гаму (као еквивалент тематици филмова) окрећући се отвореним и живим бојама, и динамичнијим кадровима. С обзиром да се школовао у Прагу (тадашња Чехословачка), под утицајем тамошњег филма шездесетих година, заинтересован за тематику историјских ретроспекција у којима се ревалоризација појединих датума или временских периода јавља као позадина неореалистичног тумачења интимистичких породичних прича. У већини његових филмова постоје сцене вешања, играња фудбала,[ венчања, филма у филму, као и честе улоге Рома.
За потребе филма Живот је чудо изграђен је Дрвенград, који је по идеји Кустурице, треба да представља начин живота борбе против глобализма и капитализма. Под именом Кустерндорф (нем. Küstendorf) на предлог књижевника Петера Ханкеа, град постаје познат у свету, као средиште уметности, планираним филмским фестивалом, производњом воћних сокова и других био производа. Кустурица је добитник европске награде за архитектуру Филип Ротије 2005. године због Дрвенграда. Награда, коју традиционално сваке треће године додељује „Фондација за архитектуру” из Брисела, једно је од најцењенијих белгијских и европских одличја у области архитектонске културе. У образложењу жирија истиче се да Кустуричин пројекат:

Дана 14. јануара 2008. редитељ је у Дрвенграду основао је Међународни филмски и музички фестивал Кустендорф. Од тада до данас фестивал је одржан четири пута, а осим редовних учесника као специјални гости су се појавили редитељи Никита Михалков (2008), Џим Џармуш (2009) и глумац Џони Деп (2010).

Политика

Дмитриј Медведев и Емир Кустурица у Москви 21. јануара 2010.

Емир Кустурица је често критиковао бившег америчког председника Џорџа В. Буша и бившег британског премијера Тонија Блера, говорећи да је Радован Караџић за њих двојицу почетник. На додели награде у Мароку, након бурног аплауза обратио се публици:
“Када бих ја био Тони Блер онда бих у своју војну стратегију увео да је аплауз оружје за масовну деструкцију и да је аплауз који сте ми ви упутили управо супротно од свега онога што је Тони Блер тражио у Ираку”. Такође је критикован како се није успротивио опсади Сарајева током грађанског рата у Босни и Херцеговини, на шта је он одговорио текстом 24. априла 1992. у француском часопису Ле Монд (фр. Le Monde) под називом Европо, мој град гори!

Музика
На концерту „Emir Kusturica & the No Smoking Orchestra“ марта 2009. Кустурица је у периоду од 1986. до 1988. свирао бас-гитару у групи Забрањено пушење из Сарајева, где је и живео. Када је почео распад Југославије 1991. године група је престала с радом. Неки од чланова тадашње поставке отишли су изван БиХ, а они који су остали наставили су са радом у групи под истим именом и снимили су неколико нових албума. Неле Карајлић је са виолинистом Дејаном Спаравалом основао нову групу, а након Кустуричиног прикључења њихов састав је назван „Emir Kusturica & the No Smoking Orchestra“. Чланови групе су 1998. године копмпоновали музику за филм Црна мачка, бели мачор, а неки од њих су се појавили у Кустурчиним филмовима: бубњар Стрибор Кустурица у филмовима Завет и Живот је чудо, вокал Ненад Јанковић у Живот је чудо, гитариста Ивица Маскимовић у Завету. Године 2001. снимљен је документарац о овој групи, Super 8 Stories. Композитор Зоран Симјановић компоновао је музику за Кустуричина прва два дугометражна филма: Сјећаш ли се Доли Бел? и Отац на службеном путу, а Горан Бреговић за Дом за вешање, Arizona Dream, заједно са Игијем Попом и Подземље.

Приватни живот

Ђурђевдана 2005. Кустурица је крштен у Српској православној цркви као Немања Кустурица у манастиру Савина, у близини Херцег Новог. Касније је о свом пореклу говорио: „Мој отац је био атеиста и увек се декларисао као Србин. Добро, можда смо ми били Муслимани 250 година, али смо били православци пре тога и дубоко у себи увек били Срби, вера то не може променити. Ми смо постали Муслимани само да би преживели Турке. У интервјуу за босанскохерцеговачку телевизију OBN 2009. године рекао је да је гледајући књиге утврдио да је његова породица у ствари била српска, те да му је врло важно кад умре да се зна ко је био. На парламентарним изборима 2007. године дао је индиректну подршку премијеру Војиславу Коштуници и његовој Демократској странци Србије.[40] Исте године подржао је српску кампању Солидарност - Косово је Србија, кампању против независности Косова и Метохије. Има српско и француско држављанство. Ожењен је Мајом Кустурицом, са којом има сина Стрибора и кћерку Дуњу.